社員が会社のPCに、勝手に私用のソフトやゲームをインストールして困る。

サーバー（例えばWindowsの場合、Windows Server）管理している場合は、マイクロソフトのActive Directoryという仕組みを使って、各自のパソコン(クライアントPC)を一括管理することである程度監視、制限をかけることができます。その他でも様々なサードパーティー製のソフトで監視やソフトの実行制限などが可能です。ただし、それ相応の管理が必要なので、利便性などを考慮しつつ、社員のモラルの啓蒙やルールの徹底などと併用して進めるといいでしょう。